Природозащитната организация WWF алармира, че проектът за нов план за управление на национален парк „Пирин“ излага на риск местообитанията на дивата коза. Проектът предвижда разширяване с 12.5 пъти на зоните, в които могат да се изграждат спортни съоръжения върху 7.5% от общата територия на парка, но основно в северната част на Пирин, над градовете Банско и Добринище.
Последните данни от 2013 г. сочат, че природозащитното състояние на балканската дива коза в защитена зона „Пирин“ е незадоволително. Популацията на вида наброява едва 320-400 екземпляра, което е значително под оптималната численост. В северните склонове на Пирин и с повече открити пространства видът е с по-висока плътност. Днес обаче дивите кози у нас са изтласкани в най-труднодостъпните ареали. Според Червената книга на Рупублика България от 2011 г. те са със статут „Застрашен подвид“. Дивата коза играе съществена роля за поддържането на крехките и уязвими планински екосистеми. Освен че е важна част от хранителната верига, тя е единственият представител на фауната в НП „Пирин“, който може да се храни както с храсти, така и с клони на иглолистни дървета, опазвайки бързо намаляващите високопланински пасища.
Най-значимата заплаха за вида у нас е бракониерството. Сериозна опасност за тях представлява и безпокойството. Оцеляването през зимата е лимитиращият фактор за плътността на популацията. Проверката на WWF показа по-малко диви кози около връх Тодорка, където извънпистовото каране набира все по-широка популярност в сравнение с други райони с подобни характеристики. А безпокойството е само елемент от по-големия проблем с изграждането на нови писти и лифтове, което би изисквало гола сеч и пряко унищожаване на местообитанията на дивата коза.